Protein sentezinin aşamalarına baktığımızda dikkatimizi çeken konulardan biri, tek bir protein molekülünün üretilmesi için yüzlerce farklı protein ve enzime ihtiyaç olduğudur. Bunların yanı sıra yine birçok molekül ve iyon (elektrik yüklü atom) da hazır bulunmalıdır.
Peki öyle ise, ilk protein nasıl oluşmuştur? İşte bu soru, evrimcilerin en önemli çıkmazlarından biridir. Evrimci biyolog Carly P. Haskings American Scientist dergisinde yayınlanan bir makalesinde evrimin bu çıkmazını şöyle ifade etmiştir:
... Fakat biyokimyevi genetik sayesinde evrimle ilgili birçok önemli soru hala cevaplanamamıştır... Bütün canlılarda, hem DNA eşleşmesi, hem de üzerlerindeki şifrelerin proteinlere çevrilmesi, oldukça spesifik ve uygun enzimler sayesinde olmaktadır. Aynı zamanda bu enzim moleküllerinin yapıları da, bizzat DNA tarafından belirlenmektedir. İşte bu gerçek, evrimde çok esrarlı bir problemi ortaya çıkarmaktadır. Acaba evrim olayında, şifrenin kendisi ve bu şifrenin içinden de proteinlerin sentezinde gerekli olan diğer enzimler beraberce mi ortaya çıkmıştır? Bu bileşiklerin olağanüstü karmaşıklığı ve sentezlenmeleri için aralarında hiç aksamayan bir koordinasyonun olma zorunluluğu göz önüne alındığında, söz konusu zaman çakışmasından bahsetmek çok saçma olmaktadır. Bu soruya Darwin'in görüşleri dışında cevap aramalıyız. Çünkü söz konusu durum özel yaratılışı öngören çok güçlü bir delil oluşturmaktadır. Carly P. Haskings, "Advances and Challenges in Science", American Scientist, cilt 59, 1971, s. 298.
Bu bilim adamının da belirttiği gibi, protein sentezinin oluşabilmesi için, hücre içindeki tüm sistemlerin birlikte var olması gerekir. Bu sistemin parçalarından biri dahi eksik olduğunda, protein üretilemez ve dolayısıyla yaşam sürdürülemez. Evrimciler ise, önce proteinlerin tesadüf eseri oluştuğunu, sonra da proteinlerin tesadüfi birleşimleri ile hücrelerin meydana geldiğini iddia ederler. Ancak çok açıktır ki, bu parçalardan biri olmadan diğeri kesinlikle oluşamamaktadır. Bu ise, yukarıdaki itirafta da ifade edildiği gibi, Allah'ın tüm canlıları, tüm sistemleri ile birlikte yarattığının açık bir delilidir. Allah'ın kusursuz yaratışı Kuran'da şöyle bildirilir:
O Allah ki, yaratandır, (en güzel biçimde) kusursuzca var edendir, şekil ve suret verendir. En güzel isimler O'nundur. Göklerde ve yerde olanların tümü O'nu tesbih etmektedir. O, Aziz, Hakimdir." (Haşr Suresi, 24)
Ayrıca söz konusu moleküllerin şuursuz atomlardan oluşmuş olduğunu unutmamak, dolayısıyla şu soruları sormak gerekir. Akıl, şuur sahibi olmayan bir madde, nasıl olup da bir başka şeyi denetleme, kontrol etme, işlere müdahalede bulunma gibi yeteneklere sahip olabilir? Emirler gönderip, belli bir amaca yönelik çok sistemli bir şekilde nasıl hareket edebilir? Darwinist öğretinin etkisine girmiş kimseler, işte tüm bunların kör ve şuursuz tesadüflerin eseri olduğunu iddia ederler.
Ancak hücrelerin varlığından habersiz bu moleküllerin, onların ihtiyaçları olan proteinleri üretmeyi, kendi kendilerine görev edinmeleri, bunun için karar almaları imkansızdır. Kuşkusuz buradaki üstün akıl, bilgi ve şuur gerektiren görevleri, şuursuz atomların belirlemesi mümkün değildir. Onlar sadece kendileri için belirlenmiş görevi eksiksiz ve kusursuz bir şekilde yerine getirirler ve onlara bu görevi veren, onları bu sistemin bir parçası olarak yaratan Allah'a boyun eğerler.
Bir Kuran ayetinde şöyle bildirilmektedir:
"Sizin İlahınız yalnızca Allah'tır ki, O'nun dışında İlah yoktur. O, ilim bakımından herşeyi kuşatmıştır." (Taha Suresi, 98)