İnsan Genomu Projesi'nde çalışan bilim adamları, genlerin fonksiyonlarının ve aralarındaki ilişkilerin anlaşılması aşamasının daha başında olduklarını belirtmektedirler. Çünkü ortaya çıkan sonuçlar hiç de tahmin edildiği gibi çıkmamıştır. Örneğin bir farede veya buğdayda bile, insandan daha uzun DNA bulunmaktadır. Bu da, DNA'nın uzun olması ile organizmanın kompleks olması arasında her zaman doğru orantı olmadığını göstermektedir. Bu konuya biyofizikçi Dr. Lee Spetner şöyle değinmektedir:
Genler bir kısım evrimcilerin iddia ettiği gibi bir komplekslik ölçüsü değildir. İnsanın 30.000 geni varken, pirinç bitkisinin 55.00 geni bulunması, bunun çok açık bir göstergesidir.
Diğer taraftan insanın gen sayısı konusundaki önceki tespitlerin de hatalı olduğu ortaya çıkmıştır. Çalışmanın başlangıcında bilim adamları insanda 50.000 ile 140.000 arasında gen bulunacağını tahmin etmelerine rağmen, yapılan son çalışmalarda sadece 25.000 ile 30.000 civarında gen tespit edilmiştir. Bu durum, bilim çevrelerini oldukça şaşırtmıştır. İnsan Genomu Projesini yöneten Francis S. Collins bu durumu şöyle anlatmaktadır:
İnsanların beklenenden daha az geni olduğu anlaşıldı. Burada genden söz ederken, belirli bir proteini şifreleyen belirli bir DNA diziliminden söz ediyorum. Elbette protein oluşturmayan RNA dizilimleri de vardır. Fakat bu tanıma göre, yalnız çok şaşırtıcı biçimde 30.000 kadar insan geni olduğu anlaşıldı. Halbuki son on beş yıldır, 100.000 genden söz ediyorduk ve ders kitaplarında da böyle yazıyordu. Bu herkes için bir tür şok oldu. Hatta bazı kişiler bundan fazlasıyla etkilendi ve sıkıntıya düştüler. Çünkü insandan önce daha basit canlıların genleri de sayılmıştı ve örneğin bir tür solucanın 19.000, yabani otun 25.000 geni vardı ve biz yalnız 30.000 gene sahiptik. Daha da kötüsü, pirinç bitkisinin genetik şifresi çözüldüğünde, 55.000 geni bulunduğu anlaşıldı. Bu ne anlama geliyordu? İnsana ve pirinç bitkisine bakan birisi, elbette insanın biyolojik olarak daha kompleks olduğunu söyleyecektir. Bu konuda şüphe olduğunu sanmıyorum. Öyleyse tek dayanak gen sayısı olmamalı. Öyleyse neler olup bitiyordu? Francis S. Collins, "Faith and the Human Genome Project", Perspectives on Science and Christian Faith, cilt. 55, no. 3, Eylül 2003, s. 146.; http://www.asa3.org/ASA/PSCF/2003/PSCF9-03Collins.pdf
Buradaki sıkıntı şundan kaynaklanmaktadır. Darwinist bilim adamları iddialarını insanın daha kompleks bir canlı olduğu, dolayısıyla gen sayılarının da daha fazla olduğu mantığı üzerine kuruyorlardı. Maya hücresinde 6.000, meyve sineğinde 13.000, bir tür solucanda 18.000, bir tür bitkide 26.000 gen bulunmasına karşılık, insan hücresinde, çok daha kompleks olması nedeniyle, daha fazla sayıda gen olması bekleniyordu. Ancak İnsan Genomu Projesi, dogmatik bir mantık olan organizmanın kompleksleştikçe, DNA ve gen sayısının çoğalması beklentisini boşa çıkarmıştır.
Ne gen sayıları ne de DNA büyüklükleri, evrimcilerin öne sürdüğü gibi bir "evrim zinciri" göstermemektedirler. Ancak evrimciler gerçekte kendi aleyhlerinde olan bu son gelişmeyi, çarpıtmaya ve "evrim" delili gibi göstermeye çalışmaktadırlar. Bazı basın kuruluşları ise, hem konu hakkındaki yetersiz bilgileri hem de ön yargılı yaklaşımları nedeniyle, İnsan Genomu Projesi'nin "evrime kanıt" sağladığını zannetmekte ya da öyle göstermeye çalışmaktadırlar. Ancak projeden elde edilen bilimsel bulgular, Darwinizm'e diğer bilim dallarında olduğu gibi genetik alanında da tüm kapıları kapamıştır