Hayatın kökeni ile ilgili deneylerden bahsedildiğinde ilk olarak akla Miller deneyi gelir. Evrimci kaynaklarda, hayatın kökenini aydınlattığı iddiasıyla sözde bir delil olarak gösterilir. Ancak deneyin detayları -gerçekleri yansıtmayan koşulları- çoğu zaman göz ardı edilir. Amerikalı kimyacı Stanley Miller, kendi oluşturduğu ve erken dünya atmosferi ile ilgisi olmayan suni koşullarda deneyini gerçekleştirmiştir. Sonuç olarak Stanley Miller'ın amino asit sentezi, gerçekleri yansıtmayan bir ortam esas alınarak yapıldığı için, bilimsel bir bulgu ortaya koymamaktadır.
Ayrıca Miller bu deneyde, sadece amino asit sentezleyebilmiştir. Ancak herhangi bir şekilde amino asit oluşması, kesinlikle canlılık oluşması demek değildir. Amino asitler, vücudun en temel malzemeleri olan proteinlerin yapı taşlarıdır. Yüzlerce amino asit, hücre içinde belirli bir sırayla birleştirilir ve böylece proteinler yapılır. Hücreler de ortalama birkaç bin ayrı türde proteinden meydana gelir. Yani amino asitler, canlıların en basit, en küçük parçalarıdır. Miller'in deneyinin geçerli olmadığı, ilerleyen yıllarda pek çok bilimsel yayına da konu olmuştur. (Detaylı bilgi için bkz. Harun Yahya, Evrim Aldatmacası, Araştırma Yayıncılık)
Miller deneyiyle evrimciler, aslında evrimi kendi elleriyle çürütmüşlerdir. Çünkü deney, amino asitlerin ancak tüm koşulları özel olarak ayarlanmış bir laboratuvar ortamında, bilinçli müdahalelerle elde edilebileceğini kanıtlamıştır. Yani canlılığı ortaya çıkaran güç, bilinçsiz tesadüfler değil, "yaratılış"tır.
Evrimcilerin bu açık gerçeği kabul etmemeleri, bilime tamamen aykırı birtakım ön yargılara sahip olmalarından kaynaklanır. Nitekim Miller Deneyi'ni öğrencisi Stanley Miller ile birlikte organize eden Harold Urey, bu konuda şu itirafı yapmıştır:
Yaşamın kökeni konusunu araştıran bütün bizler, bu konuyu ne kadar çok incelersek inceleyelim, hayatın herhangi bir yerde evrimleşmiş olamayacak kadar kompleks olduğu sonucuna varıyoruz. (Ancak) Hepimiz bir inanç ifadesi olarak, yaşamın bu gezegenin üzerinde ölü maddeden evrimleştiğine inanıyoruz. Fakat kompleksliği o kadar büyük ki, nasıl evrimleştiğini hayal etmek bile bizim için zor. W. R. Bird, The Origin of Species Revisited, Thomas Nelson Co., Nashville, 1991, s. 325
Evrimcilerin hayatın kökeni ile ilgili iddialarına delil gibi sundukları benzeri deneylerin hiçbiri gerçekleri yansıtmamaktadır. Bunun yanı sıra asıl çelişki, evrimcilerin bir yandan hayatın kökenini tesadüfi şuursuz etkilerle açıklarken, bir yandan da deneylerini son derece planlı, bilinçli müdaheleler altında gerçekleştirmeleridir. Dolayısıyla laboratuvarda oluşturdukları ortamda hiçbir şey rastgele değildir.
Aksine, hayatın kökenine evrimci açıklama getirmek için yapılan tüm deneyler, bilinçli, akıl ve bilgi sahibi bilim adamları tarafından, yüksek teknolojik donanıma sahip, özel hazırlanmış laboratuvar koşullarında yapılmaktadır. Böylesine kontrollü bir ortamda, genlerin çeşitli özel enzimler kullanılarak DNA'dan kopartılması, birbirleri ile karıştırılması, daha sonra tekrar hücre içine yerleştirilmesi, ardından faydalı olanların seçilmesi gibi aşamaların tesadüfi etkileri yansıtmayacağı açıktır. Dolayısıyla evrimcilerin canlılığın kökeninde akıl, bilinç ve bilgi bulunmadığı iddiası, geçersizliğini bir defa daha göstermektedir. Moleküler biyolog Michael Behe Darwin's Black Box (Darwin'in Kara Kutusu) adlı kitabında, konu ile ilgili şunları dile getirmektedir:
Buradaki büyük problem şurada yatmaktadır: Kendileri de bir "yapı taşı" olan her nükleotid, çeşitli parçalardan meydana gelmektedir ve bu parçaları oluşturan süreçler, kimyasal anlamda uyumsuzdur. Bir kimyager laboratuvarında malzemeleri ayrı ayrı sentezleyerek, bunları saf hale getirerek ve daha sonra birbirleriyle tepkimeye sokarak kolaylıkla nükleotidleri elde edebilir. Ancak, yönlendirilmeyen kimyasal reaksiyonlar, karşı konulamaz bir şekilde test tüpünün dibinde istenmeyen ürünler ve şekilsiz karmakarışık maddelerle sonuçlanacaktır.
Yapılan tüm deneyler, aslında hayatın oluşumunun her aşamasında, bilinçli bir kontrolün gerekliliğini kanıtlamaktadır. Prof. Werner Gitt evrime delil olarak sunulan Miller deneyleri hakkında şunları ifade etmektedir:
Bu tür bir deneyde hiçbir zaman bir protein sentezlenmemiştir. Bunlar proteinler değil, proteinoidlerdir. Uzun bir amino asit zinciri ve doğru optik rotasyonu (proteinlerin sol-elli olmalarını sağlamak için kimyada kullanılan bir yöntem) olan gerçek bir protein elde etmiş olsalar bile bu, evrimin başlangıcı olamazdı. Bu proteine ait bilginin saklanabileceği bir şifreleme sistemi olmalıdır ki, sonraki aşamalarda kendini yenileyebilsin. Fakat... bir şifreleme sistemi asla maddeden ortaya çıkamaz. Bu nedenle Miller deneyleri hayatın kökenini açıklama konusunda hiçbir katkıda bulunmamaktadır.
Ünlü fizikçi Prof. Paul Davies ise daha en baştan, yapılan deneylerdeki yaklaşımın hatalı olduğuna şöyle değinmektedir:
Canlı hücre, en iyi süper bir bilgisayar olarak düşünülebilir. Şaşırtıcı komplekslikteki bir bilgi işlem ve kopyalama sistemi. DNA, özel hayat veren bir molekül değil. DNA, matematiksel kod kullanarak bilgisini ileten bir genetik bankadır. Hücre ile ilgili çalışmaların çoğu, en iyi bilgisayar donanımı gibi maddesel şeylerle değil de yazılım programı gibi bilgi ile tarif edilir. Bir deney tüpünde kimyasalları karıştırarak hayat oluşturmaya çalışmak, düğmelerle ve telleri leğimleyerek Windows 98 programını üretmeye benzer. Bu başarılı olmaz, çünkü soruna yanlış kavramlar düzeyinde yaklaşılıyor. Paul Davies, "How We Could Create Life", Guardian, 11Aralık 2002 ;http://www.guardian.co.uk/comment/story/0,3604,857635,00.html
Tüm bunlar göstermektedir ki, hücredeki herşeyin daha ilk andan itibaren yerli yerinde, eksiksiz ve en mükemmel şekliyle bulunması zorunludur. En küçük bir eksiklik ya da değişiklik hücrenin sonu anlamına gelecektir. Değil milyarlarca, isterse trilyonlarca kere trilyonlarca sene sürsün, evrim teorisinin iddia ettiği türden bir deneme yanılma sürecinin, canlı bir hücre meydana getirmesi mümkün değildir.
Bilinçsiz tesadüflerin, doğa olaylarının tek bir seferde, hücredeki indirgenemez komplekslikteki yapıları ve sistemleri ortaya çıkarmış olmasının ihtimal dışı olduğu, artık bilimsel bir gerçektir. Tüm bu gerçekleri görmelerine rağmen tesadüflere ilahlık atfedenler, boş bir aldanıştadırlar. Allah bu kimselerin batıl inançlarını Kuran'da şöyle bildirmektedir:
Göklerin ve yerin mülkü O'nundur; çocuk edinmemiştir. O'na mülkünde ortak yoktur, herşeyi yaratmış, ona bir düzen vermiş, belli bir ölçüyle takdir etmiştir. O'nun dışında, hiçbir şeyi yaratmayan, üstelik kendileri yaratılmış olan, kendi nefislerine bile ne zarar, ne yarar sağlayamayan, öldürmeye, yaşatmaya ve yeniden diriltip-yaymaya güçleri yetmeyen birtakım ilahlar edindiler. (Furkan Suresi, 2-3)