DNA ile ilgili en çarpıcı konulardan biri de, DNA'yı okuyup ona göre üretim yapan enzimlerin de yine DNA'daki şifrelere göre üretilmeleridir. Bunun anlamı şudur: Hücrenin içinde öyle bir fabrika vardır ki, bu fabrika hem çok çeşitli ürünler üretmekte, hem de bir taraftan bu üretimi yapan robot ve makineleri de inşa etmektedir. Tek bir noktasında eksiklik olsa işe yaramayacak olan bu sistemin, nasıl ortaya çıktığı sorusu ise, evrim teorisini tek başına yıkmaya yeterlidir.
DNA'nın yalnız protein yapısındaki birtakım enzimlerin yardımı ile kopyalanabilmesi ve bu enzimlerin sentezinin de, ancak DNA'daki bilgiler doğrultusunda gerçekleşmesi, protein ve DNA'nın birbirine bağımlı olduklarını gösterir. Dolayısıyla DNA'nın kopyalanabilmesi için, en baştan hem proteinin hem de DNA'nın aynı anda var olmaları gerekir. Bilim yazarı John Horgan bu ikilemi şöyle açıklamaktadır:
... DNA, katalitik proteinlerin ve enzimlerin yardımı olmadan, yaptığı işi yapamaz. Kısacası DNA olmadan proteinler var olmaz, ama DNA da proteinler olmadığı durumda oluşmaz. John Horgan, "In the Beginning", Scientific American, cilt 264, Şubat 1991, s. 119
Moleküler biyolog Michael Denton'a göre, "Proteinler birçok şey yapabiliyor, fakat kendi inşaları için gerekli olan bilgiyi saklayamıyor veya aktaramıyorlar. Diğer yandan DNA bilgiyi saklayabiliyor, fakat hiçbir şey üretemiyor veya kendisini çoğaltamıyor. Bu nedenle DNA'nın proteinlere, proteinlerin de DNA'ya ihtiyacı var. Bu kırılamaz bir döngü halinde, yumurta mı tavuktan, tavuk mu yumurtadan paradoksunu andırıyor." Andrew Scott da, New Scientist dergisindeki bir makalesinde, proteinlerin ve genetik kodun birbirinden ayrı düşünülemeyeceğini şöyle açıklamaktadır:
Klasik "tavuk ve yumurta" ikilemi ile uğraşıyoruz. Nükleik asitler proteinleri yapmak için gereklidir; proteinler de nükleik asitleri yapmak ve böylece aynı zamanda nükleik asitlerin protein üretim sürecinde kendisini yönlendirmesini sağlamak için gereklidir... Cansız atomlardan bizim oluşumumuz yolunda, kesinlikle hayati bir aşama olan, gen-protein bağlantısının ortaya çıkışı, neredeyse tamamen karanlık içinde gizlenmiştir.
Bu durum, canlılığın rastlantılarla oluşması senaryosunu, bir kez daha geçersiz kılmaktadır. Amerikalı kimyacı Prof. Homer Jacobson ise, bu konuda şöyle demektedir:
[Hayat başladığı zaman], üreme planları, çevreden madde ve enerji sağlama, gelişim sırası ve tüm bunların gelişimi için bilgileri tercüme edecek mekanizmaya dair talimatların, o anda ve birarada bulunmaları gerekmektedir. Bunların hepsinin kombinasyonu tesadüfen gerçekleşemez. Homer Jacobson, "Information, Reproduction and the Origin of Life", American Scientist, Ocak 1955, s. 125
Prof. Jacobson bu ifadeleri, James Watson ve Francis Crick tarafından DNA'nın yapısının aydınlatılmasından iki yıl sonra yazmıştı. Ancak bilimdeki tüm gelişmelere rağmen, bu sorun evrimciler için hala çözümsüz olmaya devam etmektedir. Evrimci biyolog Prof. Dr. Ali Demirsoy da, protein ve DNA'nın birlikte meydana gelme olasılığı hakkında şu itirafı yapmak zorunda kalır:
Bir proteinin ve çekirdek asidinin (DNA-RNA) oluşma ihtimali tahminlerin çok ötesinde bir olasılıktır. Hatta belirli bir protein zincirinin ortaya çıkma ihtimali astronomik denecek kadar azdır." Ali Demirsoy, Kalıtım ve Evrim, Meteksan Yayınları, Ankara, 1984, s. 39
Demirsoy'un bahsettiği ihtimal ise pratikte sıfırdır. Evrimci Dr. Leslie Orgel ise, 1994 tarihli bir makalesinde aynı gerçek karşısında şöyle demektedir:
Son derece kompleks yapılara sahip olan enzimlerin ve nükleik asitlerin (RNA ve DNA) aynı yerde ve aynı zamanda rastlantısal olarak oluşmaları aşırı derecede ihtimal dışıdır. Ama bunların birisi olmadan diğerini elde etmek de mümkün değildir. Dolayısıyla insan, yaşamın kimyasal yollarla ortaya çıkmasının, asla mümkün olmadığı sonucuna varmak zorunda kalmaktadır. Leslie E. Orgel, "The Origin of Life on Earth", Scientific American, cilt 271, Ekim 1994, s. 78
"Hayatın kimyasal yollarla ortaya çıkması imkansız" demek, "hayatın kendi kendine oluşması imkansız" demektir. Bu gerçek, canlılığın bir anda yaratıldığının açık bir ispatıdır. Ancak evrimciler açık delillerini gördükleri bu gerçeği, ideolojik nedenlerle kabul etmezler. Allah'ın varlığını kabul etmemek için, imkansız olduğunu kendilerinin de bildiği, saçma senaryoları savunurlar. Bir başka evrimci Caryl P. Haskins, DNA şifresinin tesadüfen oluşmasının imkansızlığını ve bu gerçeğin yaratılış için güçlü bir delil olduğunu şöyle ifade eder:
Biyokimyasal genetik düzeyinde evrime ait en kapsamlı sorular hala cevaplandırılmamıştır. Genetik şifre ilk kez nasıl ortaya çıkmıştı ve nasıl evrimleşmişti? Bugün yaşayan tüm organizmalarda hem DNA'nın replikasyonu hem de DNA şifresinin etkili bir şekilde çevirimi süreçleri, son derece kesin enzimlere gereksinim duymaktadır. Aynı zamanda bu enzimlerin moleküler yapılarının DNA'nın kendisi tarafından kesin bir şekilde belirtilmiş olması, dikkate değer evrimci bir gizemi ortaya çıkarmaktadır...
Şifre ve şifreyi çevirme yolları evrim sürecinde kendiliğinden mi ortaya çıkmıştı? Böyle bir rastlantının gerçekleşmiş olabileceğine inanmak neredeyse akıl almazdır. Bu bulmaca Darwin'den önceki dönemde olduğu gibi Darwin'den sonra da evrimden kuşku duyanlar tarafından, özel yaratılış için en güçlü kanıt türü olarak yorumlanmıştır.
Tek hücreli bir organizma bile, bilim adamlarının anlayışlarının ötesinde bir kompleksliğe sahiptir. Çünkü bu küçük canlı da tek başına kopyasını oluşturabilen muazzam kapasitede bir genetik kod içermektedir. Bu kod ise sadece düzen değil, aynı zamanda yazılı bilgi de gerektiren bir yapıya sahiptir. Ayrıca bu DNA kodunun sadece doğru olarak yazılması yeterli değildir. Aynı zamanda hücrenin geri kalanı şifreli olarak yazılmış bu talimatları okuyup takip etmelidir. Nitekim canlı varlıkların tümü, aldıkları bu direktifler neticesinde, son derece organize işlemler yürüten kusursuz yapılara sahip olurlar.
Kuşkusuz şuursuz hücre organellerinin bu kodların dilini kendi kendine öğrenmesi ya da bunları tesadüf eseri çözmesi imkansızdır. Kodun var olması, çözülmesi, buradaki bilginin aktarılması, doğru bir şekilde kullanılması... her aşaması ayrı bilinç ve akıl gerektiren işlemlerdir. Peki hücredeki enzim ve ribozomlar bu işlemleri yapmaları gerektiğini nereden bilmektedir? Bunu bildiklerini farz etsek bile, bilmedikleri bir yapıdaki şifreleri hatasız olarak çözmeleri nasıl mümkün olmaktadır? İşte bu noktada sorulan tüm sorular bir yandan evrimcilerin açmazlarını vurgularken, bir yandan da yaratılıştaki üstün akıl ve ilmi sergileyen gerçekleri ortaya koymaktadır. Kuran'da şöyle buyurulmaktadır:
Rabbin, dilediğini yaratır ve seçer; seçim onlara ait değildir. Allah, onların ortak koştuklarından münezzehtir, yücedir. Rabbin onların göğüslerinin sakladıklarını ve açığa vurduklarını bilir. O, Allah'tır, kendisinden başka ilah yoktur. İlkte de, sonda da hamd O'nundur. Hüküm O'nundur ve O'na döndürüleceksiniz. (Kasas Suresi, 68-70)