Mitokondrilerde, Mitokondriyal DNA (mtDNA) bulunur. Evrimciler, mitokondriyal DNA'larının kalıtımsal olarak çeşitlenmesini, bir "evrim" olarak yorumlar ve bu varsayımı "moleküler saat" ismini verdikleri bir başka varsayımla birleştirirler. 1965 yılında ortaya atılan moleküler saat hipotezi, nükleotid ve proteinlerdeki dizilimde, zaman içinde sabit aralıklarla değişimlerin yaşanacağını ileri sürmüştür. Bu teze dayanarak, mtDNA değişimleri analiz edilen canlıların, ortak bir atadan ne zaman ayrıldıklarının bulunabileceği varsayılmıştır.
Ancak burada, mtDNA'da bulunan ve canlıları sabit zaman aralıklarında değişime uğratan, bir tür saat mekanizmasının bulunduğu anlaşılmamalıdır. Bir canlının fosilleşen kemikleri, çok çabuk dejenere olan DNA moleküllerini barındırmaz. Dolayısıyla DNA molekülüne dayanarak doğa tarihinin incelenmesi söz konusu değildir. Bu analizler, evrimcilerin canlılar tarihini, kendi varsayımlarına zorla uyarlama çabalarıdır.
Evrimciler, bu ön yargıdan hareketle mevcut evrim soyağacının hangi tarihte nerede başladığını belirlemeye çalışmışlardır. Mitokondriyel DNA'daki çeşitlilik en çok Afrikalılarda görüldüğü için, onların neslinin en eski olduğuna karar vermişlerdir. Bunun sonucunda günümüzde yaşayan tüm insan ırklarının, 130.000 yıl önce Afrika'da yaşamış bir kadından türediği, bu kadının da sözde evrimle ortaya çıkmış, Homo sapiens'in ilk temsilcisi olduğu iddia edilmiştir.
Söz konusu kadınla ilgili tahminler mitokondriyel DNA analizlerine dayandırıldığı için, bu hayali kadına "mitokondriyel Havva" ismi verilmektedir. Oysa bu çalışmada kullanılan metot, tarafsız bilimsel gözle incelendiğinde, ilk insanlara ait tarih ya da coğrafi yer belirlemede kullanılamayacağı kolayca görülecektir. Evrimcilerin dayandıkları varsayımlar, varlığı kanıtlanamayan, deney ve gözlemle örneklendirilememiş olan iddialardır. Nitekim bu tezin bilimsel bir değer taşımadığı, bugün evrim teorisini savunan pek çok bilim adamı tarafından da kabul edilmektedir.
Ünlü Nature dergisinin editör kurulundan Henry Gee, "Afrika Cenneti Üzerindeki İstatistiksel Bulut" adlı yazısında mitokondriyel DNA (mtDNA) çalışması sonuçlarını "saçmalık, anlamsız veri" olarak değerlendirdi. Gee'nin yazısında mevcut 136 mtDNA serisi ele alındığında, çizilen soy ağaçlarının sayısının 1 milyarı geçtiği bildiriliyordu. Yani yapılan bu çalışmada, 1 milyar kadar tesadüfi soy ağacı görmezlikten gelinmiş, ancak şempanze ve insanın sözde ortak evrimsel geçmişi olduğu varsayımına uygun olan tek soyağacı seçilmişti.
Herşeyden önce, tüm bu varsayımlar evrim teorisine hiçbir bilimsel kanıt oluşturmamaktadır. Örneğin moleküler saat analizine göre, insanla şempanzenin 10 milyon yıl önce birbirinden ayrılmış olması gerektiğini iddia eden bir evrimci, zaten bu çalışmasına iki canlının evrimsel akraba olduğu inancına körü körüne bir bağlılıkla başlamıştır. Burada kısır döngü içinde düşünmektedirler ve varsayımlar üzerine inşa edilen bu tip çalışmalar, vakit kaybı olmaktan öteye geçememektedir.
Washington Üniversitesi'nden genetikçi Alan Templeton da, DNA serilerinden yola çıkarak, insanın kökeni için bir tarih belirlemenin imkansız olduğunu belirtmiştir. Çünkü DNA'lar insan toplulukları arasında oldukça fazla karışmıştır. Bu durum, matematiksel olarak bakıldığında, soy ağacında tek bir insana ait mtDNA'yı ayırt etmenin imkansız olduğu anlamına gelmektedir. En çarpıcı itiraf ise, bu tezin sahiplerine aittir. 1992 yılında çalışmayı tekrarlayan ekipten Mark Stoneking (Pennsylvania Eyalet Üniversitesi), Science dergisine yazdığı bir mektupta "Afrikalı Havva" iddiasının geçersiz olduğunu kabul etmiştir.
Ayrıca mitokondriyel DNA analizi, mitokondrinin sadece anne tarafından aktarıldığı, böylelikle mitokondriyal DNA parçalarındaki değişimlerin anne, anneanne, büyük anneanne vs. kanalıyla en eski ataya kadar izlenebileceği kabul edilerek yapılır. Oysa mitokondrinin sadece anne yoluyla aktarıldığı fikri artık bir efsaneden ibarettir. Çünkü mitokondrinin babadan da aktarılabileceğini gösteren bilimsel bulgular ortaya çıkmıştır. Ünlü New Scientist dergisinde "Mitokondri hem Anneden hem de Babadan Aktarılabiliyor" başlığıyla verilen haberde, Danimarkalı bir hastanın, mitokondrilerini %90 oranında babasından aldığının anlaşıldığı anlatılmaktadır. Bu durumda evrim senaryolarına destek olarak gösterilen tüm mtDNA araştırmalarının, gerçekte bir anlam ifade etmediği ortaya çıkmaktadır. New Scientist dergisinde bu durum şöyle aktarılmaktadır:
Evrim biyologları, türlerin birbirinden ayrılmasını, mitokondriyal DNA dizilerindeki farklılıklardan yola çıkarak tarihlendiriyorlardı. Mitokondriyal DNA'nın çok nadiren de olsa babadan aktarılması, çalışmalarının çoğunu geçersiz kılmaya yeterli olacaktır.
Ünlü Nature dergisi evrimci bir yayın organı olmasına karşın bu bulguların "mitokondriyel DNA varsayımlarını haksız çıkardığını" itiraf etmiştir:
Mitokondri aktarımında babadan geçen DNA ihtimali, tarih öncesi olayları zamanlandırmada, insan mitokondriyel DNA'sından faydalanılan birçok evrimsel ve moleküler antropolojik çalışmanın yeniden değerlendirilmesi anlamına gelebilir. . Eleanor Lawrence, "Fathers Can Be Influential Too", 18 Mart 1999: http://www.nature.com/nsu/990318/990318-5.html
Son olarak, Annals of Human Genetics dergisinde çıkan bir yazıda bugüne kadar basılmış tüm mitokondriyel DNA analizlerinin yarısından çoğunun hatalı bulunduğu bildirilmiştir. Habere göre evrimcilerin başvurduğu mitokondriyel DNA veri bankaları, hatalı işlenmiş bilgilere dayanıyordu. Peter Forster isimli araştırmacının ortaya çıkardığı bu durumu Nature dergisi şöyle haber veriyordu:
Hatalar o kadar yaygın ki, genetikçiler insan popülasyonları ve evrim çalışmalarında yanlış sonuçlara varabiliyorlar… evrim ağaçlarına yönelik hata-araştırma yöntemi, bu hataların tahmin edilenden daha çok olduğunu ortaya koyuyor. Carina Dennis, "Error Reports Threaten to Unravel Databases of Mitochondrial DNA", Nature, 20 Şubat 2003, cilt. 421, ss. 773-774
DNA, hücre çekirdeğinde bulunmasının yanı sıra, enerji üretim merkezleri olan bu mitokondrilerde de bulunur.
Böylece Forster'ın bu tespitiyle birlikte, evrimcilerin çalışmalarında kullandıkları istatistiki verilerin güvenilmezliği daha da pekişmiştir. Görüldüğü gibi günümüzde yaşayan insanların genlerine bakıp, tamamen hatalı bir yöntemle sürdürülen ve sadece evrimci ön yargılarla yorumlanan genetik analizler, evrime bir kanıt değildir. Mitokondriyel DNA analizlerinin tutarsızlığını ispatlayan somut bilimsel kanıtlar, bu alandaki evrimci iddiaları boşa çıkarmaktadır. Gerçekten yaşanmış bir evrim süreci olmadığı için, herkes kendine göre ayrı bir senaryo kurgulamaktadır. Mitokondriyel Havva tezi de ağır darbeler alarak bilim tarihine gömülmek üzere olan, evrim teorisini zorla ayakta tutma çabalarından biridir.